In de jaren 1994 t/m 2000 was Jan Wolter Wabeke hoofdofficier van justitie. Hij was in die functie verantwoordelijk voor de regio Midden en West Brabant, maakte de eerste stappen voor samengaan met Zeeland en zette hij een vernieuwde internationale samenwerking op met Belgie, Luxemburg en Frankrijk, het zogenoemde Hazeldonk overleg.
In de voorafgaande jaren ’80 en ’90 was Wabeke landelijk coördinerend officier van justitie drugscriminaliteit, leidinggevend officier van justitie in Rotterdam en Advocaat Generaal bij het Gerechtshof Den Haag. Hij was tevens voorzitter van het landelijk OM overleg Fraude, Economie en Milieu (FEM, de voorloper van het Functionele Parket). Jan Wolter Wabeke gaf leiding aan grote onderzoeken, zoals het bekende onderzoek naar de bonnetjes affaire van oud-minister Bram Peper. Ook leidde hij diverse werkgroepen en commissies gericht op ontwikkelen van nieuw beleid of nieuwe werkafspraken voor politie en justitie, bijvoorbeeld het coffeeshop beleid en internationale justitiële samenwerking. In de uitvoering van al die taken toonde hij een sterke onafhankelijkheid, negeerde hij politieke druk, sociale of media pressie en bedreigingen.
Eind 2000 nam hij afscheid van het OM en werd hij Ombudsman Verzekeringen, later Financiële Ombudsman en mede-oprichter van het KiFiD.

Artikelen  Jan Wolter Wabeke en het Openbaar Ministerie